Ultimele doua concerte...

Organizează două concerte cu casa închisă la Madisson Square Garden în New York,cântând prima dată după 14 ani alături de fraţii săi. „Invincible" apare în octombrie 2001 şi este bine primit de critici şi de fani,vânzându-se în două milioane de exemplare până la Crăciun.
Lansat în octombrie,a adus noi premiere: cel mai scump album produs vreodată (30 de milioane de dolari) şi prima ieşire în grup a new yorkezilor după 11 septembrie. S-a întâmplat la lansarea şi sesiunea de autografe organizată de Michael în Time Square.
Pentru că anunţase că este ultimul album pentru Epic-Sony Music,compania a decis să promoveze albumul doar prin două videoclipuri,dintre care în „Cry" Michael nici nu apare. „Invincible" s-a vândut în 11 milioane de exemplare în toată lumea,sub nivelul precedentelor discuri. Asta i-a determinat pe mulţi să spună că Michael este terminat.
A urmat,între 2003 şi 2005,acuzaţii şi procesul de pedofilie,patru albume-colecţii de hituri şi anunţul mult-aşteptatei reîn­toarceri în 2009.
După un documentar defavorabil realizat de Martin Bashir în 2002,în care admite că în patul său au dormit peste noapte copii,iar el a dormit pe covor,este arestat şi acuzat de pedofilie. În 2005 pledează nevinovat în faţa unui juriu,care îl achită la toate cele 10 capete de acuzare. Reabilitat,dar nu şi în faţa presei,se retrage din nou în tăcere pregătind o întoarcere pe care nu a mai avut şansa de a o face.